海藻糖是一种较多存在于低等蕨类植物、藻类、细菌、fungus、酵母、昆虫及无脊椎动物中的天然物质。在fungus中，特别是酵母和霉菌中，海藻糖的含量可以高达生物体干重的20%以上。

为了有效提取和利用海藻糖，人们进行了大量的研究工作，并开发了多种制备方法。目前海藻糖的制备方法包括化学合成法、微生物提取法、微生物发酵法、酶合成法、基因工程法等。

微生物发酵法

通过微生物发酵生产海藻糖，再从发酵液中提取纯化。其关键是通过诱变、细胞融合及基因重组等方法选育高产海藻糖的菌株。日本味之素公司，利用氨基酸生产菌体外培养大量生产海藻糖，已实现工业化生产，但该法转化率低、副产物多。

微生物提取法

以酵母、乳酸菌、霉菌及其它含海藻糖的微生物为提取源，首先通过改变微生物的生长条件，使其体内积累更多的海藻糖，然后采用适当的方法将海藻糖提取出来。微生物提取法生产海藻糖生产周期长，提取率低，成本高，很难实现大规模工业化生产。

酶合成法

以葡萄糖、麦芽糖、淀粉为底物，三种方法，但存在消耗高能，且磷酸化酶不稳定等问题，因而也难以实现工业化生产。

基因工程法

将海藻糖合成酶的基因导入植物或微生物，可利用工程微生物或转基因植物生产海藻糖。

化学合成法

2,3,4,6 -四乙酰基葡糖和3,4,6-三乙酰-1,2-脱水-D-葡糖之间产生环氧乙烷加成生成。该法制备海藻糖的缺点是产率低、分离困难，目前还处于研究阶段。